辞职时公司支付工资，可能受特殊情况影响：
1、若员工与公司另有合法约定（如劳动合同明确辞职时工资支付的时间、方式，且约定不违反法律法规强制性规定），公司应按约定执行，这可能与“解除或终止劳动合同时一次性付清”的法定要求不同，但约定必须合法有效。
2、员工未履行通知期义务给公司造成损失的，公司可要求赔偿损失，但仍需先支付员工应得工资，不能直接拒付；赔偿需通过合法途径另行主张。
3、若公司因地震、洪水等不可抗力无法及时支付，应在不可抗力消除后及时支付并说明情况，延迟支付有合理性，但需充分证明不可抗力存在。
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辞职时公司支付工资是否合法？答案是：公司有义务在员工辞职时支付工资。
员工依法提前通知并完成工作交接的，公司应在解除或终止劳动合同时一次性付清工资；若公司克扣、拖欠工资，则属违法。
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“辞职公司支付工资合法吗？”法律依据主要来自《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》：
《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
《工资支付暂行规定》第九条：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”
辞职时员工与公司解除劳动关系，公司支付工资符合上述法律规定，是法定义务。反之，未支付、未足额或未及时支付工资，均违法。
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辞职时公司支付工资，员工需注意以下法律风险：
1、公司以工作未交接为由克扣工资（如擅自扣除部分工资作为“违约金”），这是违法的，除非法律规定的特定情形外，公司不得随意克扣员工工资。
2、公司未及时支付工资，员工需在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁，超过一年可能丧失胜诉权，无法追回被拖欠工资。

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