个人在公司违纪后选择自行申请离职还是被公司辞退，需以《劳动合同法》的相关规定为依据。根据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正版）第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。若公司的规章制度经民主程序制定、内容合法且已公示，员工违纪行为确实达到“严重”标准（如多次旷工、泄露商业秘密等），则公司辞退合法，员工主动离职或被辞退均无经济补偿；若公司规章制度不合法、未公示，或员工违纪未达“严重”标准，公司辞退属违法解除，员工可依据该法条主张赔偿金（经济补偿的2倍），此时被辞退比主动离职更有利。
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个人在公司违纪后，部分特殊情况会影响自行申请离职与被公司辞退的选择。1.员工处于医疗期、孕期等特殊保护期：若员工因违纪被辞退，但正处于医疗期（如因工伤住院）或孕期，公司辞退可能违反《劳动合同法》对特殊群体的保护规定，构成违法解除，此时被辞退比主动离职更有利，可主张赔偿金；若主动离职，则无法享受特殊保护权益。2.公司存在未足额支付工资、未缴纳社保等违法行为：若员工违纪的同时，公司存在未足额支付加班费、未缴纳住房公积金等违法情形，员工被辞退后可同时主张公司违法解除赔偿金和工资社保的补缴，权益更全面；若主动离职，虽可主张工资社保权益，但无法获得解除劳动合同的赔偿金。3.员工与公司签订了服务期协议或竞业限制协议：若员工因违纪被辞退，且服务期协议中约定“严重违纪需支付违约金”，可能需承担违约金责任；若主动离职，若未违反服务期或竞业限制约定，则无需支付违约金，此时主动离职更明智。
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个人在公司违纪后，无论选择主动离职还是被辞退，都可能面临法律风险。1.主动离职后无法主张违法解除赔偿的风险：例如，员工因公司未足额缴纳社保（属公司违法）而违纪，若未核查公司制度合法性就主动离职，将无法依据《劳动合同法》主张公司违法解除的赔偿金，损失应得的经济补偿。2.被辞退后因证据不足无法维权的风险：例如，公司以“泄露商业秘密”为由辞退员工，但员工未保留自己未接触核心秘密的工作记录、保密协议条款等证据，仲裁时可能因无法证明违纪不成立而败诉，无法获得赔偿金。
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个人在公司违纪后，自行申请离职与被公司辞退的明智选择需结合具体情况判断。以下为不同情形的详细分析：1.若公司规章制度合法、已公示且员工行为构成“严重违反”，被公司辞退可能更“划算”：公司依据《劳动合同法》第三十九条辞退无需支付经济补偿，员工主动离职也无补偿，但被动辞退不会额外增加离职成本。2.若公司规章制度不合法或未公示，被辞退更有利：员工可主张公司违法解除，要求支付赔偿金（经济补偿的2倍），而主动离职无法主张该权益。3.若员工违纪行为轻微（未达“严重”标准），被辞退更有利：公司辞退属违法解除，员工可索赔；主动离职则放弃该权利。4.若员工在意离职证明的“辞退”记录影响后续就业，主动离职更明智：主动离职的离职证明通常标注“个人原因”，对求职影响较小；被辞退可能标注“严重违纪”，增加就业难度。

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